用途不同生化培养箱：主要用于生化反应的孵化，也可用于水体分析和BOD测定、细菌、霉菌、微生物的培养、保存、植物栽培、育种试验等。其玻璃门设计，可让操作者在不破坏反应条件的前提下在外观察反应的变化 。
恒温培养箱：可用于培养细菌和控制菌、物质的储存及恒温试验、物体的物理性能试验、生物制品存放、化学药品贮藏及药品试验等。一般密封性好，但不便于在外观察 。
功能不同生化培养箱：具有制冷和加热双向调温系统，可制冷也可加热，温度可控。不过通常没有湿度控制功能。
恒温培养箱：部分恒温培养箱能根据用户需要将箱内温度和湿度分别稳定在某一数值，可进行湿度控制（部分简易恒温培养箱可能仅控制温度）。例如恒温恒湿培养箱程序可设置时间、温度、湿度等梯度控制，时段控制99段编程，温度范围0～50℃，湿度50～95%RH，箱温10℃以下不控湿 。
温度范围不同生化培养箱：具有制冷功能，其温度范围一般是0 - 50℃，一些低温生化培养箱温度可以达到 - 20～40℃ 。
恒温培养箱：部分不具有制冷功能，温度范围通常是室温 + 5～65℃（不同类型可能有差异），只能把温度稳定在室温以上。
控制器不同生化培养箱：温控系统采用微电脑单片机技术，控温精度高，具备时间调节控制功能，通过触模式键盘设定调节。
恒温培养箱：如电热恒温培养箱采用微电脑智能控温仪，具有设定、测定温度双数字显示和PID自整功能，控温精确、可靠。
产品样式不同生化培养箱：具有玻璃观察窗，标配中带有脚轮，内箱配有照明灯。
恒温培养箱：以电热恒温培养箱为例，一般没有玻璃观察窗。
价格不同生化培养箱：由于功能更为复杂，同大小的生化培养箱通常要比恒温培养箱贵。
控温精度不同生化培养箱：精度要求很高，大约 ±0.1℃ 。
恒温培养箱：控温精度相对较低，约为 ±1℃
